Κατά κοινή ομολογία ο Ναός διαθέτει πολύ όμορφες αγιογραφίες, άριστης βυζαντινής τεχνοτροπίας. Για την αγιογράφηση του Ναού κόπιασε σε μέγιστο βαθμό ο σύλλογος αποπερατώσεως για τον οποίο θα μιλήσουμε στη συνέχεια.Το σπουδαίο αυτό έργο έγινε από τον Γ. Καρούσο και τους συνεργάτες του Κ. Πανταζή, Κ. Μαρκόπουλο, Χ. Λιόνδα και Κ. Σκούρτη, ο οποίος είναι και ο αποπερατώσας το έργο. Αυτό άρχισε το 1979 και τελείωσε το 1996. Ας σημειωθεί ότι ο Ναός είναι κατάγραφος, μέχρι και την παραμικρή επιφάνεια του.Θεματολογικά οι αγιογραφίες ακολουθούν το γνωστό κύκλο. Μόνη εξαίρεση είναι ότι στην Αγία Πρόθεση υπάρχει αγιογραφία του Προφήτη Μελχισεδέκ, αντί των εικόνων της Γεννήσεως του Χριστού ή του Νυμφίου, όπως αλλού υπάρχει.Οι μεγάλες επιφάνειες φιλοξενούν εικόνες που αναφέρονται στη ζωή του Χριστού (Ανάσταση, Ανάληψη, πλάγια του νοτίου κλίτος, Σταύρωση, Προσευχή, Προδοσία στο βόρειο κλίτος, Μυστικός Δείπνος, Βαϊοφόρος στο δυτικό κλίτος, Μεταμόρφωση, Βάπτιση, Γέννηση και Υπαπαντή στο νότιο), από τη ζωή της Παναγίας (Κοίμηση, Γέννηση, Εισόδια δυτικού κλίτους, Ευαγγελισμός στο νότιο), τη ζωή των Αγίων Αναργύρων (θαύμα στον παραλυτικό και υδρωπικό στο βόρειο κλίτος), ενώ έχει ιστορηθεί και η προσευχή της Αγίας Άννας (πλάγια δεξιά του νοτίου κλίτους). Δεξιά, κατά την είσοδο μας στον ναό, βλέπουμε την Αγία Τριάδα (πάνω από το παγκάρι) και αριστερά την Ζωοδόχο Πηγή (πάνω από το Φιλόπτωχο Ταμείο).Η κεντρική Κόγχη του Ναού έχει την αγιογραφία της Πλατυτέρας, την περιβάλλουν στις άλλες επιφάνειες Ιεράρχες και Προφήτες. Από πάνω της ιστορήθηκε η Πεντηκοστή. Ο τρούλος φιλοξενεί την αγιογραφία του Παντοκράτορος, στα τρίγωνα των τόξων οι Ευαγγελιστές και στο τύμπανο (πλάγιο μέρος) Προφήτες.Τέλος, πάνω από την είσοδο του Ναού υπάρχει ψηφιδωτό άριστης τεχνοτροπίας που εικονίζει τους Αγίους Αναργύρους, έργο Γ. Βαρβόγλη (αχρονολόγητο).Αρκετές αγιογραφίες (όλες του Αγίου  Βήματος, στην είσοσοδο του Ναού στον γυναικωνίτη και αλλού), καταστράφηκαν τελείως ή είχαν πάθει από τον σεισμό του Σεπτεμβρίου του 1999.Το Εκκλησιαστικό Συμβούλιο είναι στο στάδιο λήψης των απαραίτητων αδειών για την έναρξη της αγιογραφίας.